โดยส่วนมากเมื่อมีการใช้งานโปรแกรมจัดทำรายการอ้างอิง ผู้ใช้งานมักพบปัญหาชื่อผู้แต่งภาษาไทยไม่แสดงรูปแบบตามที่ต้องการเมื่อกรอกรายการอ้างอิงด้วยตนเอง และยังไม่มีไฟล์ .ris ให้ดาวน์โหลดมานำเข้า

รูปแบบชื่อผู้แต่งภาษาไทยจะแตกต่างจากภาษาอังกฤษ โดยชื่อผู้แต่งจะเป็น "ชื่อ นามสกุล" ในขณะที่ภาษาอังกฤษ รูปแบบจะเป็น "นามสกุล, ตัวแรกของชื่อ."
ตัวอย่างเช่น ชื่อภาษาไทย ณภัทร สันตะวงศ์ ชื่อภาษาอังกฤษ Naphat Santawong
การอ้างอิงจะต้องแสดงชื่อผู้แต่ง เป็น "ณภัทร สันตะวงศ์" ส่วนภาษาอังกฤษจะเป็น Santawong, N.
วิธีกรอกรายการอ้างอิงภาษาไทยเพื่อนำไปใช้กับ Mendeley Cite
2. จะพบกับหน้าจอรวมรายการอ้างอิงที่ได้บันทึกไว้ กดที่ +Add new และเลือก Add reference manually
3. จะพบกับหน้าจอสำหรับกรอกข้อมูล ให้นำรายการอ้างอิงมากรอกที่ช่องข้อมูลแต่ละส่วนดังนี้ (ในที่นี้ยกตัวอย่างเป็นการกรอกชื่อวารสาร)
ตัวอย่างการกรอกรายการอ้างอิงภาษาไทย ที่มีผู้แต่ง ตั้งแต่ 2 ท่าน ขึ้นไป

จุฑามาส ซุ่นห้วน, กัลชิญา ทองหัตถา, และ กิตติ์กาญจน์ ปฏิพันธ์. (2565). ภาวะผู้นำเชิงสร้างสรรค์กับการบริหารงานของผู้บริหารสถานศึกษาสังกัด. วารสารครุศาสตรปริทรรศน์ฯ, 9(1), 444–454.
Identifiers - link ของเอกสาร หรือเลข DOI ที่เมื่อกดแล้วสามารถไปยังเอกสารอิเล็กทรอนิกส์ได้ (ถ้ามี)
Reference Type ให้เลือก Journal Article
Title - กรอกชื่อเรื่อง
Authors - ให้กรอกชื่อ 1 คนต่อ 1 ช่อง โดยให้กดที่ Add another แล้วกรอก
Journal - กรอกชื่อวารสาร
Year - ปีที่พิมพ์ กรณีภาษาไทยจะกรอกเป็นปี พ.ศ.
Pages - เลขหน้า
Volume - เล่มที่ (หรือปีที่)
Issue - ฉบับที่
4. เมื่อกรอกข้อมูลครบถ้วนให้จะพบกับรายการอ้างอิงที่เพิ่งกรอกแสดงที่บรรทัดแรกสุด
5. กลับมาที่ Microsoft Word แล้วกดปุ่ม sync เพื่ออัปเดตรายการอ้างอิงที่เพิ่มกรอกไปให้มาแสดงที่นี่
6. เลือกตำแหน่งที่ต้องการจะอ้างอิงแล้วเลือกรายการที่ต้องการ (สามารถเลือกได้มากกว่า 1 รายการ) จากนั้นกด insert citation
7. เมื่อ citation เรียบร้อยแล้ว เทมเพลตของไอทีสิสจะทำการอัปเดตรายการอ้างอิงที่สร้างจาก Mendeley Cite ไปที่ช่องรายการบรรณานุกรม ดังรูป (กรณีเป็นโปรแกรมอื่นจำเป็นจะต้องนำมาวาง ณ หน้าบรรณานุกรมด้วยตนเอง)
8. แก้ไขคำว่า & เป็น และเพื่อให้ถูกต้องตามรูปแบบภาษาไทย โดยควรทำหลังจากอ้างอิงจนครบแล้ว เนื่องจากในการ insert citation แต่ละครั้งจะทำให้รายการอ้างอิงอัปเดตรูปแบบกลับมาแบบเดิม

รูปเล่มวิทยานิพนธ์ที่สร้างจาก iThesis Office Add-in จะมีการเชื่อมโยงบรรณานุกรม หรือ Bibliography ของ Mendeley Cite เพื่อให้สะดวกในการใช้งาน (สำหรับโปรแกรมอื่น ๆ จะต้องนำรายการอ้างอิงเต็มมาวางเองที่หน้าบรรณานุกรม